水生态环境研究所是中国水利水电科学研究院从事水生态水环境研究的公益性研究所。前身为1984年成立的水利电力部水质实验研究中心，2000年中国水科院整合从事水环境研究的研究团队，组建水环境研究所，2020年更名为水生态环境研究所，现任所长为彭文启教授。现已建设成为水质检测标准物质研发单位，国家级检验检测能力Ａ类验证（2020年）提供单位。是流域水循环国家重点实验室、湖泊国家工程实验室、水质监测国家工程实验室的组成部分，是中国水利学会生态水利工程学专委会的依托单位。
研究所秉持“源洁流清、止于至善”理念，围绕河湖生态环境保护修复国家科技需求，主持承担了一大批国家级重大科技攻关项目和省部级重点科研项目，承担了一系列重大水利水电工程的技术咨询、评估和技术服务等科研工作，在水生态环境监测技术标准与设备、流域水生态环境演变机理与模型、水质目标管理与水环境治理、河湖健康评估与生态流量保障、水生态保护修复等方面取得一批重要科研成果。
历经40余年的发展，研究所已建设成为水利行业水质监测溯源体系及质量控制枢纽、水生态环境标准研发与重大水质问题技术支撑中心、河湖健康评估与生态流量管理技术研发中心、流域水生态环境保护和修复技术研发中心。
